Im Baum werden Ordner durch , Lesezeichen durch und Mailadressen durch dargestellt. Wenn Ordner ausschließlich Mailadressen enthalten, werden sie mit dem Symbol bezeichnet. Ein oder mehrere Einträge (Lesezeichen oder Ordner) sind markiert. Die Markierung lässt sich mit der Maus oder der Tastatur verändern. Über die jBoom-Bedienoberfläche aufgerufene Aktionen wirken normalerweise auf alle markierten Einträge.

Wenn nur ein Eintrag markiert ist und dieser einen Kommentar enthält, erscheint der Kommentartext in einem kleinen Zusatzfenster unterhalb des Baums.

Zum Ausführen von Aktionen verwendet man entweder die Symbole der Werkzeugleiste (im jBoom-Fenster oben) oder das Kontextmenü. Letzteres öffnet sich normalerweise, wenn man mit der rechten Maustaste in einen Baumeintrag klickt. Alle wichtigen Funktionen lassen sich auch über die Tastatur aufrufen.

	Ein einfacher linker Mausklick auf das Umschalter-Symbol oder ein Doppelklick auf lässt den Ordner auf- bzw zuklappen.
	Mit → wird der markierte Ordner auf-, mit ← wird er zugeklappt.

Die meisten Operationen beziehen sich auf einen oder mehrere im Baum ausgewählte Einträge. Bei einigen (z.B. "Ändern") darf nur einer markiert sein, bei anderen (z.B. "Ausschneiden" oder "Kopieren") auch mehrere. Um einen bestimmten Ordner auszuwählen, markiert man den Ordner selber oder ein oder mehrere Lesezeichen in diesem Ordner.

	Ein einfacher Klick auf einen Ordner oder ein Lesezeichen markiert den Eintrag. Um zusammenhängende Bereiche zu markieren, klickt man zunächst auf den Anfang und dann mit gedrückter Umschalttaste auf das Ende. Bei einzelnen Einträgen kann mit Strg+Klick zwischen "zusätzlich markiert" und "nicht markiert" umgeschaltet werden. Strg+a markiert den aktuellen Ordner komplett.
	Mit den Cursortasten ↑ und ↓ wird die Markierung verschoben. Bei gleichzeitigem Drücken der Umschalttaste verschiebt sich das Ende des markierten Bereichs (entspricht Umschalt+Mausklick). "Pos1" setzt die Markierung auf den ersten, "Ende" auf den letzten Eintrag des Lesezeichen-Baums.

Ein doppelter Mausklick auf ein Lesezeichen lädt die zugehörige Seite in den Browser. Ein doppelter Mausklick auf eine Mailadresse startet das Mailprogramm im Modus "Mail verfassen" mit der betreffenden Mailadresse als Empfänger. Um eine Mail an mehrere Empfänger zu schicken, muss die Eingabetaste benutzt werden (s.u.).

Wenn ein Lesezeichen markiert ist, lädt die Eingabetaste die zugehörige Seite in den Browser. Sind ein oder mehrere Mail-Adressen markiert (aber keine Lesezeichen), startet die Eingabetaste das Mailprogramm und trägt alle markierte Adressen als Empfänger ein. Ist ein Verzeichnis markiert, das ausschließlich Mailadressen enthält, werden alle darin befindlichen Adressen als Empfänger eingesetzt. Das Verzeichnis dient dann also als "Mailingliste".